Les prix de la Fondation Émile-Nelligan sont attribués par des jurys mandatés par les membres du Conseil d'administration de la Fondation. Ils ont de particulier que nul ne peut se proposer lui-même pour un prix ni être proposé par quelqu'un d'autre, le jury n'examinant que les propositions de ses propres membres. De plus, toute personne qui est ou qui a été membre du Conseil d'administration de la Fondation Émile-Nelligan perd de ce fait le droit d'obtenir un prix.

Le jury
Les jurys se composent de cinq personnes nommées par le Conseil d'administration de la Fondation mais n'en faisant pas partie.

Le lauréat
Le choix du lauréat se fait lors d'une réunion du jury et en présence d'un membre de la Fondation qui voit au respect des règlements d'attribution. Le lauréat est choisi par résolution du jury et la Fondation ne peut refuser ce choix.

Nul ne peut se voir décerner deux fois un de ces prix triennaux. De plus, le jury ne peut décerner de prix à titre posthume, à moins que la personne ne décède après le jour où le jury a pris la décision la désignant comme lauréate.